ในการเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ รวมไปถึงยุบเมืองเล็ก ๆ เป็นอำเภอ หรือรวมเมืองหลาย ๆ เมืองเป็นเมืองเดียวกัน นอกจากนี้ยังได้ยกเลิกการปกครองในการแต่งตั้งจาก ผู้สืบสายสกุลอีกด้วย ดังนั้นบุคคลผู้เคยมีตำแหน่งก็อาจไม่ได้รับตำแหน่ง หรือบางคนอาจได้รับตำแหน่งใหม่ บางคนถูกลดบทบาทและอำนาจลงกว่าเดิม การเปลี่ยนแปลงครั้งนี้จึงทำให้มีทั้งผู้ที่เสียตำแหน่งเสียอำนาจ มีทั้งผู้ได้ตำแหน่งและได้ทั้งอำนาจ จึงทำให้บ้านเมืองเกิดความวุ่นวายมีการก่อความไม่สงบขึ้น ทั้งมณฑลอิสาน ที่เรียกว่า กบฎกลุ่มต่าง ๆ นั่นเอง
อย่างไรก็ตาม เนื่องจาก พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ที่ปราชญ์เปรื่องในเรื่องการปกครอง จึงมองเห็นว่า ผู้เคยรับตำแหน่งหน้าที่เดิม ล้วนได้ช่วยสร้างประโยชน์แก่ราชการ ทั้งสิ้น และล้วนมีความจงรักภักดีมาโดยตลอด ดังนั้น เพื่อเป็นการรักษาน้ำใจเป็นการชดเชยตำแหน่ง และอำนาจที่สูญเสียไป อีกทั้งเป็นการรักษาเกียรติยศชื่อเสียงของวงศ์ตระกูลผู้ปกครองเดิมไว้ พระองค์จึงได้ทรงโปรดเกล้าฯ พระราชทานบรรดาศักดิ์ให้แก่เจ้านาย พระ พระยา ท้าวแสนเมืองประเทศราชย์ และหัวเมืองชั้นนอกต่าง ๆ ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2442
สำหรับเมืองขุขันธ์ ขณะที่มีการยกเลิกตำแหน่งเจ้าเมือง โดยมี พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน ( ท้าวปัญญา ) เป็นเจ้าเมืองท่านที่ 9 และเมื่อถูกเปลี่ยนเป็นตำแหน่ง ผู้ว่าราชการเมือง พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ท้าวปัญญา ) ก็ยังได้รับโปรดเกล้าฯ ให้ได้รับตำแหน่ง ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ ถือเป็นผู้ที่ได้รับตำแหน่ง ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์เป็นท่านแรก
อนึ่งเป็นที่น่าสังเกตว่า ผู้ที่ได้รับตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองต่าง ๆ ในมณฑลลาวกาวเป็นท่านแรกทั้ง 17 เมือง มีผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์เมืองเดียวเท่านั้น ในมณฑลทางอิสานนี้ ที่มีบรรดาศักดิ์ราชทินนามในระดับชั้น “พระยา” ที่ได้รับตำแหน่งผู้ว่าราชการเมือง คือ อำมาตย์ตรี พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ท้าวปัญญา ขุขันธิน) ส่วนเมืองอื่น ๆ ไม่ว่า เมืองอุบลราชธานี เมืองร้อยเอ็ด เมืองสุรินทร์ เมืองยโสธร เมืองสุวรรณภูมิ เมืองวารินชำราบ และเมืองศรีขรภูมิ ฯลฯ มีบรรดาศักดิ์ชั้น “พระ” เท่านั้น ส่วนเมืองศรีสะเกษไม่มีผู้เหมาะสมกับตำแหน่งผู้ว่าราชการเมือง จึงว่างเว้นในตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองในขณะนั้น
สำหรับเมืองขุขันธ์ จึงได้มีผู้ตั้งข้อสังเกตว่า มีผู้เขียนประวัติศาสตร์ศรีสะเกษบางท่านกล่าวว่า เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงปฏิรูปการปกครองในครั้งนั้น ทำให้เจ้าเมืองขุขันธ์ คือ พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ท้าวปัญญา หรือ ปัญญา ขุขันธิน) เจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ 9 มิได้รับตำแหน่งใด ๆ แม้แต่ตำแหน่งนายอำเภอ เนื่องจากไม่ได้รับความไว้วางใจเพราะน้องชาย คือ ท้าวบุญจันทร์ ถูกกล่าวหาว่า กบฎ จึงเป็นการกล่าวที่อคติและขาดข้อมูล เป็นการเบี่ยงเบน ทางประวัติศาสตร์ อย่างสิ้นเชิง เพราะว่าหลักฐานทางประวัติศาสตร์ในปี พ.ศ. 2426 เมื่อเจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ 8 พระยาขุขันธ์ ภักดีศรีนครลำดวน (ท้าววัง) ถึงแก่อนิจกรรม พระเจ้าอยู่หัวก็ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ท้าวปัญญา ซึ่งเป็นบุตรชายท่านที่ 3 ขึ้นเป็นเจ้าเมืองขุขันธ์ เป็นเจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ 9 ต่อจากบิดาในบรรดาศักดิ์ราชทินนาม พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน โดยได้อยู่ในตำแหน่ง ปีพ.ศ. 2426 – 2440 รวมอยู่ในตำแหน่งเจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ 9 เป็นเวลา 14 ปี
มาในปี พ.ศ. 2440 ได้รับโปรดเกล้าฯ ในตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ เป็นท่านแรก ปี พ.ศ. 2440 – 2450 รวมอยู่ในตำแหน่ง 10 ปี ดังมีทำเนียบข้าราชการเมืองขุขันธ์ ปรากฏตามตำแหน่ง ดังนี้
พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน เจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ ๙
(ท้าวปาน หรือ ปัญญา ขุขันธิน - พุทธศักราช ๒๔๒๖- ๒๔๔๐
/ ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ พ.ศ. ๒๔๔๐ - ๒๔๕๐)
ได้รับโปรดเกล้าพระราชทานนามสกุล "ขุขันธิน")
2. ท้าวทองคำ เป็น พระสุนทรบริรักษ์ ตำแหน่ง ปลัดเมืองขุขันธ์
3. ท้าวบุญมี (บุญมี ขุขันธิน ) เป็น หลวงสุรัตนามัย ตำแหน่งยกบัตร เมืองขุขันธ์ (ต่อมาได้เป็นนายอำเภอคนแรก )
4. ท้าวบุญมี เป็นพระยาพิชัย ตำแหน่งผู้ช่วยราชการเมืองขุขันธ์
และต่อมาในปี พ.ศ.2450 เมือทรงโปรดเกล้าฯ ให้ยุบรวมเมืองบริเวณขุขันธ์ ประกอบด้วย เมืองขุขันธ์ เมืองศรีสะเกษ และเมืองเดชอุดม รวมเข้าเป็นเมืองเดียว เรียกว่า “เมืองขุขันธ์” โดยทรงแต่งตั้งให้ข้าหลวงกำกับบริเวณในขณะนั้น คือ พระยาบำรุงบุระประจันต์ (จันดี กาญจนเสริม) เป็นผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ แทน อำมาตย์ตรี พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน ( ปัญญา ขุขันธิน ) ซึ่งพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้รับตำแหน่งเป็น กรมการพิเศษเมืองขุขันธ์ และกรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์ในเวลาต่อมา (พ.ศ. 2450 –2460)
ดังหลักฐานปรากฏในทำเนียบทะเบียนบัญชีที่พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 6 ทรงบันทึกไว้ สำหรับผู้ขอพระราชทานนามสกุล ดังนี้
พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ท้าวปัญญา) เจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ 9 และอยู่ในตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ท่านแรก ได้ขอพระราชทานนามสกุลในขณะที่อยู่ในตำแหน่ง กรมการพิเศษเมืองขุขันธ์ โดยได้รับพระราชทานนามสกุลในลำดับที่ 3565 โดยขอในบรรดาศักดิ์ราชทินนาม อำมาตย์ตรี พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ท้าวปัญญา) กรมการพิเศษเมืองขุขันธ์ มณฑลอุบลราชธานี ได้รับพระราชทานามสกุลว่า “ขุขันธิน” (Khukhandhin) ซึ่งเป็นนามสกุลผู้สืบเชื้อสายเจ้าเมืองขุขันธ์โดยตรงมาจนถึงปัจจุบัน ส่วนพระยาบำรุงบุระประจันต์ (จันดี) มิได้ขอพระราชทานนามสกุล เพราะถึงแก่อนิจกรรมก่อนมีพระราชบัญญัติขนานนามสกุล คือ ก่อนพ.ศ. 2456
หากจะตั้งข้อสังเกต จะเห็นว่า ทั้ง 2 ท่าน คือ พระยาบำรุงบุระประจันต์จางวาง (จันดี กาญจนเสริม) กับพระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน ( ท้าวปัญญา ขุขันธิน) มีสถานะที่เกี่ยวข้องกัน คือ เป็นพ่อตาและลูกเขย ดังนั้นในการได้รับทรงโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้สลับสับเปลี่ยนตำแหน่งกันจึงไม่ทำให้ เกิดปัญหาใดๆ การกล่าวหาว่า พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน ( ปัญญา ขุขันธิน ) ไม่ได้รับตำแหน่งใด ๆ จึงไม่เป็นความจริง เพราะท้าวปัญญา หรือ พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน เกิดเมื่อปี พ.ศ. 2400 ได้รับโปรดเกล้าฯ ให้เป็น “เจ้าเมืองขุขันธ์” เมื่ออายุได้ 26 ปี คือ ปี พ.ศ. 2426 จนมีถึงปี พ.ศ. 2450 จึงได้รับโปรดเกล้าฯ ให้เป็น กรมการพิเศษเมืองขุขันธ์ และกรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์ในเวลาต่อมาจนถึงปี พ.ศ. 2460 รวมอยู่ในราชการ 34 ปี ได้ถึงแก่อนิจกรรมเมื่อปี พ.ศ. 2470 รวมสิริอายุได้ 70 ปี
ขอบคุณที่มาข้อมูลจาก : คำบอกเล่าของท้าวบุญถึง และท้าวศรีเมือง ขุขันธิน ทั้งสองเป็นบุตรชายที่เกิดจากนางแย้ม ภรรยาคนที่ 2 (บ้านหาด) ของพระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน เจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่ 9