ปี พ.ศ. 2447 ได้มีการปรับปรุงเขตอำเภอ คือ ยุบอำเภอกันทรลักษ์ โดยแบ่งส่วนหนึ่งให้ไปรวมและขึ้นต่ออำเภออุทุมพรพิไสย ส่วนหนึ่งไปรวมกับอำเภอเมือง เมืองขุขันธ์ ที่มีการเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ก็ด้วยเหตุผลเพื่อป้องกันมิให้เป็นที่ซ่องสุมผู้คนของกลุ่มผู้ที่ยังรักและศรัทธาในตัว ท้าวบุญจันทร์อยู่ และในปีเดียวกันนี้ พระยาบำรุงบุระประจันต์ จางวาง ข้าหลวงบริเวณกำกับขุขันธ์ ได้เริ่มวางแผนที่จะย้ายที่ทำการศาลาว่าราชการเมืองขุขันธ์ ไปตั้งอยู่ ณ อำเภอกลางศีร์ษะเกษ
ปี พ.ศ. 2448 ได้มีการย้ายที่ทำการ อำเภอปจิมศีร์ษะเกษ ไปตั้งที่บ้านสำโรงใหญ่ ตำบลสำโรง เรียกว่า อำเภอสำโรงใหญ่
ปี พ.ศ. 2449 ได้ทำการย้ายอำเภออุทัยศีร์ษะเกษ ไปตั้งที่บ้านหนองกก ตำบลยาง
ปลายปี พ.ศ. 2450 หลังจากที่ได้มีวางแผนที่จะย้ายศาลากลางเมืองขุขันธ์ มาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2447 เป็นเวลา 3 ปี เห็นเป็นโอกาสที่เหมาะสมจึงได้ย้ายศาลาว่าราชการเมืองขุขันธ์ มาตั้ง ณ อำเภอศีร์ษะเกษ ด้วยเหตุผลประกอบเพียงว่า...
1.หลังจากเมื่อ ปี พ.ศ.2443 พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้กระทรวง มหาดไทย ปรับปรุงการปกครองในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ โดยคงจัดตั้งเป็นมณฑล แต่แบ่งการปกครองเป็นเมืองบริเวณ เมืองบริเวณขุขันธ์ ประกอบด้วย 3 เมือง ได้แก่ เมืองขุขันธ์ เมืองศีร์ษะเกษ และเมืองเดชอุดม โดยมีพระยาบำรุงบุระประจันต์ (จันดี) เป็นข้าหลวงกำกับราชการเมืองบริเวณ
ปลายปี พ.ศ. 2450 นี้เอง พระเจ้าอยู่หัวไปทรงโปรดเกล้าฯ ให้ปรับปรุงการปกครองอีกครั้ง โดยให้มีการยกเลิกเมืองบริเวณ และยุบเมืองบางเมืองเป็นอำเภอ ยุบเมืองหลายเมืองเป็นเมืองเดียวกัน จึงทำให้ เมืองบริเวณขุขันธ์ (เมืองขุขันธ์ เมืองศีร์ษะเกษ และเมือง เดชอุดม) ถูกยุบรวมกัน เรียกว่า “เมืองขุขันธ์” โดยให้อำเภอต่าง ๆ ที่ขึ้นต่อเมืองทั้ง 3 ให้ขึ้นต่อเมืองขุขันธ์ทั้งสิ้นทำให้เมืองศีร์ษะเกษ เมืองเดชอุดม สิ้นสภาพความเป็นเมืองตั้งแต่บัดนั้นมา โดยเมืองเดชอุดม เป็นอำเภอเดชอุดม เมืองศีร์ษะเกษ เป็น อำเภอศีร์ษะเกษ ตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองเดชอุดม และผู้ว่าราชการเมืองศีร์ษะเกษได้สิ้นสุดไปด้วย
ส่วนตำแหน่งข้าหลวงกำกับบริเวณขุขันธ์ เมื่อเมืองบริเวณถูกยุบรวมและยกเลิกเมืองบริเวณ ทำให้ตำแหน่งข้าหลวงกำกับบริเวณขุขันธ์ สิ้นสุดลงไปในเวลาเดียวกันนี้ จึงทรงโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้พระยาบำรุงบุระประจันต์ (จันดี) มีตำแหน่งเป็นผู้ว่าราชการ เมืองขุขันธ์ แทนผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ท่านเดิม คือ พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ปัญญา ขุขันธิน) เมื่อพ้นจากตำแหน่ง ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์แล้ว พระองค์ได้ทรงโปรดเกล้าฯให้รับตำแหน่งใหม่ คือ ตำแหน่งกรมการพิเศษเมืองขุขันธ์ และตำแหน่ง กรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์ ในเวลาต่อมา ( พ.ศ. 2450 – 2460 ) ดังปรากฏในหลักฐาน ทรงโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามสกุลแก่ อำมาตย์ตรีพระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน (ปัญญา) ขณะดำรงตำแหน่งกรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์ มณฑลอุบลราชธานี ปี พ.ศ. 2459 พระราชทานนามสกุลว่า “ขุขันธิน” (Khukhandhin)
2. จากเหตุการณ์ที่ท้าวบุญจันทร์ ถูกกล่าวหาว่าก่อการกบฎ และถูกปราบปรามจนเสียชีวิตไปแล้วก็ตาม จากเหตุการณ์ครั้งนั้นยังทำให้ราษฎรผู้ที่ยังรักและศรัทธาในตัวท้าวบุญจันทร์มาก่อน ยังมีการซ่องสุมรวบรวมผู้คนเพื่อที่จะต่อต้านฝ่ายปกครอง เพื่อแก้แค้น ให้แก่ท้าวบุญจันทร์ก็ยัง มีอยู่โดยทั่วไป
ในช่วงเวลาเดียวกันนี้ เมืองขุขันธ์ ได้ให้ท้าวทิด และท้าวชู กรมการเมืองขุขันธ์ออกไปรักษาการณ์ทางด่านพระประสบ เกิดความขัดแย้งไม่พอใจการบริหารงานราชการของเมืองขุขันธ์ จึงไม่ฟังการบังคับบัญชาจากเมืองขุขันธ์ เอาใจไปฝักใฝ่เข้าข้างฝรั่งเศส จนกระทั่งได้ยกกำลังเข้ายึดเอาเมืองมโนไพรได้ โดยที่ทางการไทยไม่สามารถจะจัดการใด ๆ ได้เลย
ดังนั้นจึงพอสรุปได้ว่า สาเหตุที่ทำให้ต้องย้ายศาลาว่าราชการเมืองขุขันธ์ (ศาลากลางเมืองขุขันธ์) ไปตั้งอยู่ ณ ที่อำเภอศีร์ษะเกษ มีสาเหตุอย่างน้อย 3 ประการ ดังนี้
1. การยุบรวมเมืองขุขันธ์ เมืองศีร์ษะเกษ และเมืองเดชอุดม รวมเป็นเมืองเดียวกัน เรียกว่า “เมืองขุขันธ์” โดยมีพระยาบำรุงบุระประจันต์ (จันดี) เป็นผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ และเนื่องจากที่ตั้งศาลาว่าราชการเมืองขุขันธ์ มีที่ตั้งติดกับชายแดนเขมรซึ่งอยู่ในอารักขาของฝรั่งเศส จึงเสี่ยงต่อการใช้อิทธพลของฝรั่งเศส สร้างความไม่มั่นคงให้แก่เมืองขุขันธ์ ซึ่งมีผลต่อสยามประเทศด้วย (ไทยต้องเสียเมืองพระตะบอง เมืองเสียมราฐ และเมืองศรีโสภณ ให้แก่ฝรั่งเศส พร้อมปราสาทเขาพระวิหารอีกด้วย)
2. จากเหตุการณ์ที่ท้าวบุญจันทร์ถูกกล่าวหาว่าก่อการกบฏและถูกปราบปราม จนเสียชีวิต แต่ราษฎรกลุ่มที่ยังฝักใฝ่และยังรักศรัทธาในตัวท้าวบุญจันทร์ ยังพยายามที่จะรวมตัวก่อการไม่สงบขึ้น โดยต่อต้านฝ่ายปกครองทุกรูปแบบทำให้เหตุการณ์บ้านเมืองภายในเมืองขุขันธ์ อยู่ในภาวะที่ไม่น่าไว้วางใจ อาจจะเกิดการก่อกบฎขึ้นได้ทุกเมื่อ เนื่องจากมีฝ่ายฝรั่งเศสให้การสนับสนุนอยู่เบื้องหลัง
3. เพื่อรองรับความเจริญที่จะมาพร้อม ๆ กับการก่อสร้างทางรถไฟจากกรุงเทพฯ นครราชสีมา ศีร์ษะเกษ และอุบลราชธานีในอนาคต
ดังนั้น ปลายปี พ.ศ. 2450 จึงได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ย้ายที่ตั้งศาลาว่าราชการเมืองขุขันธ์ ไปตั้ง ณ ที่อำเภอศีร์ษะเกษ แต่ยังใช้ชื่อ ศาลาว่าราชการเมืองขุขันธ์ เช่นเดิม (ที่ตั้งศาลากลางจังหวัดศรีสะเกษในปัจจุบัน) โดยทรงโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ พระยาบำรุงบุระประจันต์ (จันดี) ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการเมือง ขุขันธ์ เป็นท่านที่ 2 ( พ.ศ. 2450 – 2452 )
